谷歌旗下由DeepMind CEO Demis Hassabis领导的Isomorphic Labs公司，发布了新一代AI药物设计引擎IsoDDE。该引擎被业内专家评价为具有“AlphaFold 4级别的重大进步”，其性能全面超越了前代模型AlphaFold 3。然而，与AlphaFold系列此前开源的传统不同，Isomorphic Labs明确表示不会公开IsoDDE的代码、论文或核心方法。
IsoDDE是一个统一的药物设计引擎，整合了蛋白质结构预测、药物-靶点结合强度计算以及隐藏结合位点发现等多种能力。在针对未知新蛋白结构的基准测试中，IsoDDE的成功率是AlphaFold 3的两倍多。在预测抗体识别靶标方面，其高精度预测成功率是AlphaFold 3的2.3倍。尤为突出的是，在预测药物分子与靶点的结合亲和力任务上，IsoDDE的表现甚至超过了传统依赖高成本物理模拟的方法，且无需实验数据作为起点。报告还展示了一个案例：IsoDDE仅凭蛋白质序列，就成功找到了一个被科学家忽视了15年的隐藏药物结合位点。
此次闭源决定引发了科学界的广泛讨论。AlphaFold系列此前开源，曾被全球数百万研究者使用，被视为AI造福科学共同体的典范。Isomorphic Labs总裁表示，发布技术报告旨在“激励”其他团队，但学术界人士指出，缺乏细节使得外界难以复现或理解其成果。有观点认为，作为一家已获得巨额融资并与大型药企合作的商业公司，保护核心技术合乎商业逻辑。但也有担忧指出，如果AI在科学领域的强大工具逐渐从公共品转变为商业资产，可能会影响科学研究的开放性与普惠性。
与此同时，开源社区并未停止追赶。其他团队已开发出性能接近或部分超越AlphaFold 3的开源模型，并有公司声称其技术达到了与IsoDDE可比的性能水平。然而，AI制药领域的一个关键挑战在于，高质量的训练数据可能大量掌握在药企手中，这或将成为开源模型追赶的潜在壁垒。IsoDDE的发布标志着AI药物研发进入了一个性能更强但可能更为封闭的新阶段。
